1992年揭陽(yáng)建市前，揭陽(yáng)縣檔案館（局）系揭陽(yáng)縣政府直屬局。1992年4月29日，根據揭市機編〔1992〕3號文，揭陽(yáng)縣檔案館升格為揭陽(yáng)市檔案館，加掛“揭陽(yáng)市檔案局”牌子，為副局（處）級事業(yè)單位，歸屬市政府辦公室管理。2006年4月29日，根據揭市機編〔2006〕22號文，揭陽(yáng)市檔案局（館）由原副處級定為正處級，編制按揭市機編〔2001〕67號文不變，列為揭陽(yáng)市人民政府直屬事業(yè)單位。

2007年11月15日，根據揭市人發(fā)〔2007〕104號文，經(jīng)廣東省人事廳批準，市檔案局列入參照公務(wù)員法管理范圍。

揭陽(yáng)市檔案館是1992年在揭陽(yáng)縣檔案館的基礎上升格起來(lái)的。揭陽(yáng)縣檔案館成立于1958年12月19日，人員編制5名，配有專(zhuān)職館長(cháng)、副館長(cháng)各1名。1962年11月25日撤銷(xiāo)縣檔案館，業(yè)務(wù)并入縣人委辦公室。1979年10月4日重新恢復縣檔案館，配備人員2名，其中副館長(cháng)1名。1981年9月23日設立揭陽(yáng)縣檔案局，任命副局長(cháng)1名，配備人員3名。1984年撤銷(xiāo)揭陽(yáng)縣檔案局，保留揭陽(yáng)縣檔案館，由縣委辦公室管理，配備館長(cháng)、副館長(cháng)各1名。1985年11月3日恢復揭陽(yáng)縣檔案局，檔案館與檔案局合署辦公，一套人馬，二塊牌子，列入縣政府編制序列，作為縣政府直屬局，并核定局（館）編制7名，任命副局長(cháng)1名。1988年1月進(jìn)一步健全局（館）機構，設副館長(cháng)1名，業(yè)務(wù)指導股和編研利用股股長(cháng)各1名。1990年12月任命局長(cháng)1名。

1991年12月7日，經(jīng)國務(wù)院批準，撤銷(xiāo)揭陽(yáng)縣，設立揭陽(yáng)市（地級）。1992年4月29日，揭陽(yáng)縣檔案館升格為揭陽(yáng)市檔案館，加掛“揭陽(yáng)市檔案局”牌子，為副局（處）級事業(yè)單位，歸屬市政府辦公室管理。9月29日，根據揭陽(yáng)市機編〔1992〕162號文，檔案館內部機構設置辦公室、檔案管理科、編研科3個(gè)科室，核定事業(yè)編制15名，配備領(lǐng)導職數2名。

1993年1月4日，設立揭陽(yáng)市史志辦公室，為副局（處）級事業(yè)單位，與揭陽(yáng)市檔案館合署辦公，核定事業(yè)編制20名，原加掛的揭陽(yáng)市檔案局牌子不變。8月，根據揭市機編〔1993〕93號文，市檔案館、史志辦公室內設機構調整為辦公室、檔案管理科、業(yè)務(wù)指導科、史志科，均為副科級。

1998年3月16日，根據揭市機編〔1998〕37號文，市檔案局、檔案館、史志辦公室合署辦公，為副局（處）級事業(yè)單位，賦予檔案行政管理職能，歸屬市政府辦公室管理，內部機構設置辦公室、黨史研究科、地方志科、監督指導科、檔案管理科、檔案編研科共6個(gè)科室（副科級）。核定事業(yè)編制25名，其中局長(cháng)（館長(cháng)、主任）1名，副局長(cháng)（副館長(cháng)、副主任）2名，正、副科長(cháng)（主任）9名。

2001年8月31日，根據揭市機編〔2001〕67號文，市檔案局、檔案館、史志辦公室合署辦公，為副局（處）級事業(yè)單位，賦予檔案行政管理職能，歸屬市政府辦公室管理，內部機構設置辦公室、黨史研究科、地方志科、監督指導科、檔案管理科5個(gè)科室（副科級）。核定事業(yè)編制23名。其中局長(cháng)（館長(cháng)、主任）1名，副局長(cháng)（副館長(cháng)、副主任）2名，科長(cháng)（主任）（副科級）5名、副科長(cháng)（主任）（正股級）4名。

2006年4月29日，根據揭市機編〔2006〕22號文，單位由原副處級定為正處級，編制按揭市機編〔2001〕67號文不變，相應科室調整為正科級。

2007年11月15日，根據揭市人發(fā)〔2007〕104號文，經(jīng)廣東省人事廳批準，市檔案局列入參照公務(wù)員法管理范圍。

2010年9月27日，根據揭市機編〔2010〕54號文，加掛市人民政府信息查閱中心牌子。

2013年7月30日，根據揭市機編辦〔2013〕24號文《關(guān)于揭陽(yáng)市史志辦公室更改名稱(chēng)的通知》，揭陽(yáng)市史志辦公室機構名稱(chēng)更改為中共揭陽(yáng)市委黨史研究室、揭陽(yáng)市人民政府地方志辦公室。

2018年12月29日，中共揭陽(yáng)市委、揭陽(yáng)市人民政府印發(fā)《揭陽(yáng)市機構改革方案》，理順市檔案局（市檔案館）職責。將市檔案局的行政職能劃入市委辦公室，市委辦公室對外加掛市檔案局牌子。市檔案館作為市委直屬事業(yè)單位，加掛市地方史志辦公室牌子。

2019年3月28日，根據揭市機編發(fā)〔2019〕23號文《關(guān)于印發(fā)揭陽(yáng)市檔案館機構編制方案的通知》，市檔案館是市委直屬事業(yè)單位，為公益一類(lèi)，正處級，加掛揭陽(yáng)市地方史志辦公室牌子。內設綜合科、接收保管科、編研宣傳科、史志編纂科4個(gè)科。核定事業(yè)編制17名。其中館長(cháng)（主任）1名，副館長(cháng)（副主任）2名；正科級領(lǐng)導職數4名，副科級領(lǐng)導職數4名。

2021年11月10日，根據揭市機編發(fā)〔2021〕29號文《中共揭陽(yáng)市委機構編制委員會(huì )關(guān)于調整揭陽(yáng)市檔案館機構編制事項的批復》，揭陽(yáng)市檔案館（揭陽(yáng)市地方史志辦公室）調整為揭陽(yáng)市檔案館，加掛揭陽(yáng)市委黨史研究室、揭陽(yáng)市人民政府地方志辦公室牌子。增設黨史研究科，正科級。史志編纂科更名為方志編纂科。增加事業(yè)編制3名、科級領(lǐng)導職數2名。調整后，市檔案館（市委黨史研究室、市人民政府地方志辦公室）內設綜合科、接收保管科、編研宣傳科、黨史研究科、方志編纂科5個(gè)科，核定事業(yè)編制20名，其中館長(cháng)（主任）1名，副館長(cháng)（副主任）2名；正科級領(lǐng)導職數5名，副科級領(lǐng)導職數5名。其他機構編制事項不變。